Алгоритм Пурдома: различия между версиями
[непроверенная версия] | [непроверенная версия] |
ASA (обсуждение | вклад) |
Teplov (обсуждение | вклад) |
||
Строка 100: | Строка 100: | ||
===== Количественная оценка локальности ===== | ===== Количественная оценка локальности ===== | ||
=== Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма === | === Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма === | ||
+ | Программа, реализующая поиск транзитного замыкания, состоит CPU части, отвечающей за общую координацию вычислений, использующей вспомогательные классы. | ||
+ | |||
=== Масштабируемость алгоритма и его реализации === | === Масштабируемость алгоритма и его реализации === | ||
==== Масштабируемость алгоритма ==== | ==== Масштабируемость алгоритма ==== |
Версия 23:45, 18 ноября 2016
Содержание
- 1 Свойства и структура алгоритма
- 1.1 Общее описание алгоритма
- 1.2 Математическое описание алгоритма
- 1.3 Вычислительное ядро алгоритма
- 1.4 Макроструктура алгоритма
- 1.5 Схема реализации последовательного алгоритма
- 1.6 Последовательная сложность алгоритма
- 1.7 Информационный граф
- 1.8 Ресурс параллелизма алгоритма
- 1.9 Входные и выходные данные алгоритма
- 1.10 Свойства алгоритма
- 2 Программная реализация алгоритма
- 2.1 Особенности реализации последовательного алгоритма
- 2.2 Локальность данных и вычислений
- 2.3 Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма
- 2.4 Масштабируемость алгоритма и его реализации
- 2.5 Динамические характеристики и эффективность реализации алгоритма
- 2.6 Выводы для классов архитектур
- 2.7 Существующие реализации алгоритма
- 3 Литература
1 Свойства и структура алгоритма
1.1 Общее описание алгоритма
Алгоритм Пурдома[1] находит транзитивное замыкание ориентированного графа за время [math]O(m + \mu n)[/math], где [math]\mu \le m[/math] – число компонент сильной связности этого графа.
1.2 Математическое описание алгоритма
Алгоритм основан на следующих свойствах:
- Если вершины [math]v[/math] и [math]w[/math] принадлежат одной компоненте сильной связности графа [math]G[/math], то его транзитивное замыкание [math]G^+[/math] содержит рёбра [math](v, w)[/math] и [math](w, v)[/math].
- Если вершины [math]x[/math] и [math]y[/math] принадлежат одной компоненте сильной связности графа [math]G[/math], а вершины [math]z[/math] и [math]t[/math] – другой, то рёбра [math](x, z)[/math], [math](x, t)[/math], [math](y, z)[/math], [math](y, t)[/math] принадлежат или не принадлежат транзитивному замыканию [math]G^+[/math] одновременно.
Таким образом, поиск транзитивного замыкания графа [math]G[/math] сводится к поиску транзитивного замыкания ациклического графа [math]\tilde G[/math], полученного из [math]G[/math] схлопыванием каждой компоненты сильной связности в одну вершину. Транзитивное замыкание ациклического графа вычисляется с использованием топологической сортировки вершин графа.
1.3 Вычислительное ядро алгоритма
1.4 Макроструктура алгоритма
Вычисления производятся в четыре этапа:
- Найти компоненты сильной связности исходного графа, заменить каждую компоненту на одну вершину и удалить образовавшиеся рёбра-петли.
- Выполнить топологическую сортировку полученного ациклического графа [math]\tilde G[/math].
- Вычислить транзитивное замыкание графа [math]\tilde G[/math], двигаясь от вершин с бо́льшими номерами к меньшим.
- По найденному транзитивному замыканию [math]\tilde G[/math] восстановить транзитивное замыкание исходного графа.
Последний этап не является обязательным, если рассматривать транзитивное замыкание [math]\tilde G[/math] как «упакованное» транзитивное замыкание [math]G[/math].
1.5 Схема реализации последовательного алгоритма
1 этап (вычисление компонент сильной связности) может быть реализован алгоритмом Тарьяна[2], находящим компоненты сильной связности в ходе поиска в глубину.
2 этап (топологическая сортировка) может быть реализован алгоритмом Кана[3] либо последовательным применением поиска в глубину[2] для нумерации вершин в предпорядке.
3 этап (транзитивное замыкание [math]\tilde G[/math]) выполняется следующим алгоритмом:
Входные данные: ациклический граф 'G с вершинами 'V, пронумерованными в топологическом порядке, и рёбрами E. Выходные данные: для каждой вершины v ∈ V – набор вершин T(v), так что транзитивное замыкание G состоит из рёбер (v, w), v ∈ V, w ∈ T(v). for each v ∈ V do T(v) := { v } for v ∈ V in reverse order: for each (v, w) ∈ E do T(v) := T(v) ∪ T(w)
4 этап (транзитивное замыкание [math]G[/math]) либо выполняется следующим алгоритмом:
Входные данные граф G с вершинами V; компоненты сильной связности SCC(v) графа G; граф [math]\tilde G[/math] с вершинами [math]\tilde V[/math]; транзитивное замыкание [math]\tilde T[/math] графа [math]\tilde G[/math]. Выходные данные: для каждой вершины v ∈ V – набор вершин T(v), так что транзитивное замыкание G состоит из рёбер (v, w), v ∈ V, w ∈ T(v). for each v ∈ V do T(v) := { v } for each v ∈ [math]\tilde V[/math]: for each w ∈ [math]\tilde T(v)[/math]: T(v) := T(v) ∪ SCC(w) for each x ∈ SCC(v): T(x) := T(v) /* присваивание по ссылке */
либо транзитивное замыкание может строиться по упакованным данным [math]\tilde T(v)[/math] одной из следующих функций:
Входные данные граф G с вершинами V; компоненты сильной связности SCC(v) графа G; отображение R(v) вершин графа G на вершины графа [math]\tilde G[/math]; граф [math]\tilde G[/math] с вершинами [math]\tilde V[/math]; транзитивное замыкание [math]\tilde T[/math] графа [math]\tilde G[/math]. function transitive_closure(v): T := { v } for each w ∈ [math]\tilde T(R(v))[/math]: T := T ∪ SCC(w) return T function is_in_transitive_closure(v, w): return R(w) ∈ [math]\tilde T(R(v))[/math]
1.6 Последовательная сложность алгоритма
Первый и второй этап выполняются с помощью поиска в глубину со сложностью [math]O(m)[/math].
На третьем этапе основой операцией является объединение списков вершин. В случае хранения списков в отсортированном виде объединение выполняется за линейное время. Количество списков не превосходит [math]n[/math], а в каждом списке не более [math]\mu[/math] вершин, где [math]\mu[/math] – количество компонент сильной связности. Общая сложность тогда составляет [math]O(\mu^2)[/math]. Альтернативным форматов хранения списка вершин является битовая маска с такой же общей сложностью.
Сложность четвёртого этапа составляет [math]O(\mu n)[/math], так как для каждой из [math]\mu[/math] компонент сильной связности за линейное время вычисляется список вершин из не более чем [math]n[/math] вершин. Поскольку компоненты сильной связности не пересекаются, на данном этапе уже не требуется хранить списки в отсортированном виде.
Таким образом, общая сложность составляет [math]O(m + \mu^2)[/math], если не требуется явное построение транзитивного замыкания, или [math]O(m + \mu n)[/math] в противном случае.
1.7 Информационный граф
1.8 Ресурс параллелизма алгоритма
1.9 Входные и выходные данные алгоритма
1.10 Свойства алгоритма
2 Программная реализация алгоритма
2.1 Особенности реализации последовательного алгоритма
2.2 Локальность данных и вычислений
2.2.1 Локальность реализации алгоритма
2.2.1.1 Структура обращений в память и качественная оценка локальности
2.2.1.2 Количественная оценка локальности
2.3 Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма
Программа, реализующая поиск транзитного замыкания, состоит CPU части, отвечающей за общую координацию вычислений, использующей вспомогательные классы.
2.4 Масштабируемость алгоритма и его реализации
2.4.1 Масштабируемость алгоритма
2.4.2 Масштабируемость реализации алгоритма
2.5 Динамические характеристики и эффективность реализации алгоритма
2.6 Выводы для классов архитектур
2.7 Существующие реализации алгоритма
- Boost Graph Library (функция
transitive_closure
).
3 Литература
- ↑ Purdom, Paul, Jr. “A Transitive Closure Algorithm.” Bit 10, no. 1 (March 1970): 76–94. doi:10.1007/BF01940892.
- ↑ 2,0 2,1 Tarjan, Robert. “Depth-First Search and Linear Graph Algorithms.” SIAM Journal on Computing 1, no. 2 (1972): 146–60.
- ↑ Kahn, A B. “Topological Sorting of Large Networks.” Communications of the ACM 5, no. 11 (November 1962): 558–62. doi:10.1145/368996.369025.