Уровень алгоритма

Алгоритм Тарьяна-Вишкина поиска компонент двусвязности: различия между версиями

Материал из Алговики
Перейти к навигации Перейти к поиску
[непроверенная версия][досмотренная версия]
 
(не показано 11 промежуточных версий 1 участника)
Строка 19: Строка 19:
 
1. Для каждой компоненты связности графа найти какое-либо остовное дерево <math>T</math>.
 
1. Для каждой компоненты связности графа найти какое-либо остовное дерево <math>T</math>.
  
−
2. Перенумеровать вершины <math>T</math> в порядке обратного обхода.
+
2. Перенумеровать вершины <math>T</math> в порядке обратного обхода <math>N(v) </math>.
  
−
3. В порядке возрастания номера вершины выполнить следующие действия:
+
3. В порядке возрастания номера вершины <math>N(v) </math> выполнить следующие действия:
  
−
a. <math>D(v) := 1+ \sum_{v \rightarrow w}D(w) </math>
+
a. <math>D(v) := 1+ \sum_{v \rightarrow w}D(w) </math>, величины <math>D(W)</math> определяются рекурсивно, <math>D(W)=1</math> для концевых вершин.
  
 
b. <math> L(v) := \min { \{N(v) - D(v)+1 \} \cup \{ L(w) | v \rightarrow w \} \cup \{ N(w) | v \cdots w \} }</math>
 
b. <math> L(v) := \min { \{N(v) - D(v)+1 \} \cup \{ L(w) | v \rightarrow w \} \cup \{ N(w) | v \cdots w \} }</math>
Строка 29: Строка 29:
 
c. <math> H(v) := \max { \{ N(v) \} \cup \{ H(w) | v \rightarrow w \} \cup \{ N(w) | v \cdots w \} }</math>
 
c. <math> H(v) := \max { \{ N(v) \} \cup \{ H(w) | v \rightarrow w \} \cup \{ N(w) | v \cdots w \} }</math>
  
−
d. Пометить ребро <math>v \rightarrow w</math> мостом, если <math>H(w)<=N(w)</math> и <math>L(w)>=N(w)-D(w)</math>.
+
d. Пометить ребро <math>v \rightarrow w</math> мостом, если <math>H(w)<=N(w)</math> и <math>L(w) > N(w)-D(w)</math>.
  
 
=== Вычислительное ядро алгоритма ===
 
=== Вычислительное ядро алгоритма ===
Строка 53: Строка 53:
 
• вычисление значений <math>L(v)</math> и <math>H(v)</math> для каждой вершины;
 
• вычисление значений <math>L(v)</math> и <math>H(v)</math> для каждой вершины;
  
−
• пометка рёбер <math>v \rightarrow w</math> мостами, если <math>H(w)<=N(w)</math> и <math>L(w)>N(w)-D(w)</math>.
+
• пометка рёбер <math>v \rightarrow w</math> мостами, если <math>H(w)<=N(w)</math> и <math>L(w) > N(w)-D(w)</math>.
  
 
Основной идеей для обеспечения завершения работы алгоритма за <math>O( \ln |V|)</math> шагов является систематическое использование операции удвоения указателей.
 
Основной идеей для обеспечения завершения работы алгоритма за <math>O( \ln |V|)</math> шагов является систематическое использование операции удвоения указателей.
Строка 61: Строка 61:
 
На первом шаге работы алгоритма строится остовный лес графа при помощи последовательных вызовов поисков в ширину от еще не посещенных на предыдущих шагах вершин. При необходимости может быть выполнен шаг Trim, выделяющий вершины, принадлежащие связанным компонентам единичного размера.
 
На первом шаге работы алгоритма строится остовный лес графа при помощи последовательных вызовов поисков в ширину от еще не посещенных на предыдущих шагах вершин. При необходимости может быть выполнен шаг Trim, выделяющий вершины, принадлежащие связанным компонентам единичного размера.
  
−
После этого производится построение островного дерева при помощи поиска в глубину, с подсчетом величин <math>D(v)</math>.
+
После этого производится построение остовного дерева при помощи поиска в глубину, с подсчетом величин <math>D(v)</math>.
  
 
Затем производятся вычисления величин <math>L</math> и <math>H</math> по формулам, приведенным в пунктах b,c в предыдущем разделе.
 
Затем производятся вычисления величин <math>L</math> и <math>H</math> по формулам, приведенным в пунктах b,c в предыдущем разделе.
Строка 74: Строка 74:
 
[[file:tarjan_vishkin_ig.png|thumb|center|600px|Рисунок 1 – Информационный граф алгоритма Тарьяна-Вышкина]]
 
[[file:tarjan_vishkin_ig.png|thumb|center|600px|Рисунок 1 – Информационный граф алгоритма Тарьяна-Вышкина]]
  
−
В начале работы производится инциализация связанных компонент графа [1] и выделение тривиальных компонент (размера 1 и 2) [2], затем инициализация уровней для всех вершин [3] и последовательные поиски в ширину [4],[BFS] до тех пор, пока все вершины не будут размечены различными уровнями.  
+
В начале работы алгоритм производит инциализацию связанных компонент графа [1], с последующим выделением тривиальных компонент (размера 1 и 2) [2]; затем, производится инициализация уровней для всех вершин [3] при помощи последовательных поисков в ширину [4],[BFS], выполняемых до тех пор, пока все вершины не будут размечены различными уровнями.  
  
−
Далее происходит поиск ребер, которые войдут в остовное дерево [5] и последовательное построение данного дерева на основе поиска в глубину [6],[7]. Затем друг за другом вычисляются необходимые метрики для каждой их вершин L, H и D [8],[9]. В конце на основе данных метрик вычисляются мосты в графе [10].
+
Далее производится поиск ребер, вошедших в остовное дерево [5], с последовательным построением данного дерева на основе поиска в глубину [6],[7]. После этого друг за другом производится вычисление необходимых метрик для каждой из вершин L, H и D [8],[9]. Перед завершением работы алгоритма на основе данных метрик производится вычисление мостов в графе [10].
  
 
=== Ресурс параллелизма алгоритма ===
 
=== Ресурс параллелизма алгоритма ===
  
−
Алгоритм изначально параллельный, время работы <math>O(\ln(|V|))</math> на <math>O(|V| + |E|)</math> процессорах.
+
Алгоритм изначально разрабатывался для параллельной реализации, его время работы составляет <math>O(\ln(|V|))</math> на <math>O(|V| + |E|)</math> процессорах.
  
−
Изначальные инициализации компонент и уровней вершин [1] и [3] могут выполняться параллельно за <math>O(|V|)</math> операций. Шаг трим [2] так же может быть выполнен за <math>O(|E|)</math> параллельных атомарных операций. Поиски в ширину от каждой корневой вершины [4],[BFS] производятся последовательно друг за другом, однако сами поиски в ширину обладают значительным образом параллелизма, описанным в соответствующем [[Поиск_в_ширину_(BFS)|разделе]].  
+
Изначальные инициализации связанных компонент и уровней вершин [1] и [3] могут выполняться параллельно за <math>O(|V|)</math> операций. Шаг трим [2] так же может быть выполнен за <math>O(|E|)</math> параллельных атомарных операций. Поиски в ширину от каждой корневой вершины [4],[BFS] производятся последовательно друг за другом, однако сами поиски в ширину обладают значительным образом параллелизма, описанным в соответствующем [[Поиск_в_ширину_(BFS)|разделе]].  
  
−
Нумерация вершин <math>D(v)</math> в порядке обходе графа поиском в глубину [5],[6] должно выполняться сугубо последовательно за <math>O(|V|)</math> операций, и может, вообще говоря, серьезно снизить производительность реализации на параллельных архитектурах.
+
Нумерация вершин <math>D(v)</math> в обратном порядке обходе графа производится при помощи поиска в глубину [5],[6], который должен выполняться сугубо последовательно за <math>O(|V|)</math> операций, и может, вообще говоря, серьезно снизить производительность реализации на параллельных архитектурах.
  
−
Вычисление величин <math>L</math>, <math>H</math> и ребер, являющихся мостами [8],[9],[10] может выполняться каждое за <math>O(|V|)</math> операций.  
+
Каждое из вычислений величин <math>L</math>, <math>H</math>, а так же проверка ребер на свойство, является ли каждое их них мостом [8],[9],[10], может выполняться параллельно за <math>O(|V|)</math> операций.  
  
 
Таким образом, ширина ярусно-параллельной формы алгоритма равна <math>O(|E|)</math>, а высота ЯПФ, вообще говоря, зависит от структуры входного графа (числа связанных компонент, и, как следствие, числа необходимых поисков в ширину).
 
Таким образом, ширина ярусно-параллельной формы алгоритма равна <math>O(|E|)</math>, а высота ЯПФ, вообще говоря, зависит от структуры входного графа (числа связанных компонент, и, как следствие, числа необходимых поисков в ширину).
Строка 113: Строка 113:
 
== Программная реализация алгоритма ==
 
== Программная реализация алгоритма ==
 
=== Особенности реализации последовательного алгоритма ===
 
=== Особенности реализации последовательного алгоритма ===
−
=== Локальность данных и вычислений ===
 
−
==== Локальность реализации алгоритма ====
 
−
===== Структура обращений в память и качественная оценка локальности =====
 
−
===== Количественная оценка локальности =====
 
 
=== Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма ===
 
=== Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма ===
  
 
Программа, реализующая алгоритм Тарьяна-Вышкина, состоит из двух частей: CPU части, отвечающей за параллельные вычисления на многоядерных CPU, а так же копирование данных на GPU и общее управлениями вычислениями, и GPU части, отвечающей только за вычисления на  графическом ускорителе.
 
Программа, реализующая алгоритм Тарьяна-Вышкина, состоит из двух частей: CPU части, отвечающей за параллельные вычисления на многоядерных CPU, а так же копирование данных на GPU и общее управлениями вычислениями, и GPU части, отвечающей только за вычисления на  графическом ускорителе.
  
−
=== Масштабируемость алгоритма и его реализации ===
+
=== Результаты прогонов ===
−
==== Масштабируемость алгоритма ====
 
−
==== Масштабируемость реализации алгоритма ====
 
−
Проведём исследование масштабируемости параллельной реализации алгоритма Тарьяна-Вишкина согласно [[Scalability methodology|методике]]. Исследование проводилось на суперкомпьютере "Ломоносов-2 [http://parallel.ru/cluster Суперкомпьютерного комплекса Московского университета].
 
−
 
 
−
Набор и границы значений изменяемых [[Глоссарий#Параметры запуска|параметров запуска]] реализации алгоритма:
 
−
 
 
−
 
 
−
* размер графа [2^18 : 2^26].
 
−
 
 
−
Проведем отдельные исследования масштабируемости вширь реализации алгоритма Тарьяна-Вишкина.
 
−
 
 
−
Основной характеристикой для сравнения было выбрано время выполнения, так как производительность (определения как TEPS то есть число ребер графа, которое алгоритм обрабатывает в секунду) для данной операции не отражает реальную эффективность обработки.
 
−
 
 
−
Анализируя время выполнения можно оценить, насколько понижается эффективность обработки графа при увеличении его размера (данные перестают помещаться в кэш, в память GPU, узла и т.д.).
 
−
 
 
−
 
 
−
[[file:Tarjan vishkin scaling wide.png|thumb|center|700px|Рисунок 2. Параллельная реализация алгоритма Тарьяна-Вишкина масштабируемость вширь: производительность в зависимости от размера графа]]
 
−
 
 
−
=== Динамические характеристики и эффективность реализации алгоритма ===
 
 
=== Выводы для классов архитектур ===
 
=== Выводы для классов архитектур ===
−
=== Существующие реализации алгоритма ===
 
  
 
== Литература ==
 
== Литература ==
 +
 
<references />
 
<references />
  

Текущая версия на 15:50, 6 июля 2022


Алгоритм Тарьяна-Вишкина поиска компонент двусвязности/мостов в графе
Последовательный алгоритм
Последовательная сложность [math]O(|V| + |E|)[/math]
Объём входных данных [math]O(|V| + |E|)[/math]
Объём выходных данных [math]max O(|V|)[/math]
Параллельный алгоритм
Высота ярусно-параллельной формы [math]N/A [/math]
Ширина ярусно-параллельной формы [math] O(|V|) [/math]


Основные авторы описания: И.В.Афанасьев

1 Свойства и структура алгоритма

1.1 Общее описание алгоритма

Параллельный алгоритм Тарьяна-Вишкина [1] находит компоненты двухсвязности неориентированного графа за время [math]O(\ln |V|)[/math] на [math]O(|V| + |E|)[/math] процессорах. Алгоритм может быть адаптирован для поиска мостов. Эффективность алгоритма Тарьяна-Вишкина подтверждена в последнее время[2][3] как на системах архитектуры SMP, так и при вычислениях на GPU.

1.2 Математическое описание алгоритма

1. Для каждой компоненты связности графа найти какое-либо остовное дерево [math]T[/math].

2. Перенумеровать вершины [math]T[/math] в порядке обратного обхода [math]N(v) [/math].

3. В порядке возрастания номера вершины [math]N(v) [/math] выполнить следующие действия:

a. [math]D(v) := 1+ \sum_{v \rightarrow w}D(w) [/math], величины [math]D(W)[/math] определяются рекурсивно, [math]D(W)=1[/math] для концевых вершин.

b. [math] L(v) := \min { \{N(v) - D(v)+1 \} \cup \{ L(w) | v \rightarrow w \} \cup \{ N(w) | v \cdots w \} }[/math]

c. [math] H(v) := \max { \{ N(v) \} \cup \{ H(w) | v \rightarrow w \} \cup \{ N(w) | v \cdots w \} }[/math]

d. Пометить ребро [math]v \rightarrow w[/math] мостом, если [math]H(w)\lt =N(w)[/math] и [math]L(w) \gt N(w)-D(w)[/math].

1.3 Вычислительное ядро алгоритма

Наиболее вычислительно затратной частью алгоритма является поиск в ширину в исходном графе, вычисляющий величины [math]N(v)[/math]. В свою очередь, вычислительным ядром данного поиска в ширину является обход вершин, смежных к выбранной вершине [math]v[/math], с последующем добавлением еще не посещенных вершин в стек.

1.4 Макроструктура алгоритма

На первом шаге работы алгоритма строится остовный лес графа с использованием модифицированного алгоритма Шилоаха-Вишкина.

Для этого для каждой вершины [math]v[/math] определяется указатель на родительскую вершину [math]P(v)[/math]; на шаге инициализации [math]P(v):=v[/math]. Далее остовный лес строится чередованием двух параллельных операций:

• Удвоение указателей: [math]P(v):=P(P(v))[/math] ;

• Соединение: [math]P(P(v)):=P(w)[/math], где [math]v[/math] – вершина [math]P[/math]-дерева ( [math]P(v)=v[/math]на текущем шаге), [math]w[/math]– некоторая вершина, для которой существует ребро [math](v,w)\in E[/math]. Ребро помечается, как принадлежащее остовному лесу .

Далее производятся следующие шаги:

• перенумерация вершин в обратном порядке обхода (post-order);

• вычисление количества потомков [math]D(v)[/math] для каждой вершины;

• вычисление значений [math]L(v)[/math] и [math]H(v)[/math] для каждой вершины;

• пометка рёбер [math]v \rightarrow w[/math] мостами, если [math]H(w)\lt =N(w)[/math] и [math]L(w) \gt N(w)-D(w)[/math].

Основной идеей для обеспечения завершения работы алгоритма за [math]O( \ln |V|)[/math] шагов является систематическое использование операции удвоения указателей.

1.5 Схема реализации последовательного алгоритма

На первом шаге работы алгоритма строится остовный лес графа при помощи последовательных вызовов поисков в ширину от еще не посещенных на предыдущих шагах вершин. При необходимости может быть выполнен шаг Trim, выделяющий вершины, принадлежащие связанным компонентам единичного размера.

После этого производится построение остовного дерева при помощи поиска в глубину, с подсчетом величин [math]D(v)[/math].

Затем производятся вычисления величин [math]L[/math] и [math]H[/math] по формулам, приведенным в пунктах b,c в предыдущем разделе.

1.6 Последовательная сложность алгоритма

Последовательный вариант алгоритма аналогичен алгоритму Тарьяна[4] и имеет линейную сложность [math]O(|E| + |V|)[/math].

1.7 Информационный граф

Далее на рисунке 1 представлен информационный граф алгоритма, демонстрирующий его основные уровни параллелизма.

Рисунок 1 – Информационный граф алгоритма Тарьяна-Вышкина

В начале работы алгоритм производит инциализацию связанных компонент графа [1], с последующим выделением тривиальных компонент (размера 1 и 2) [2]; затем, производится инициализация уровней для всех вершин [3] при помощи последовательных поисков в ширину [4],[BFS], выполняемых до тех пор, пока все вершины не будут размечены различными уровнями.

Далее производится поиск ребер, вошедших в остовное дерево [5], с последовательным построением данного дерева на основе поиска в глубину [6],[7]. После этого друг за другом производится вычисление необходимых метрик для каждой из вершин L, H и D [8],[9]. Перед завершением работы алгоритма на основе данных метрик производится вычисление мостов в графе [10].

1.8 Ресурс параллелизма алгоритма

Алгоритм изначально разрабатывался для параллельной реализации, его время работы составляет [math]O(\ln(|V|))[/math] на [math]O(|V| + |E|)[/math] процессорах.

Изначальные инициализации связанных компонент и уровней вершин [1] и [3] могут выполняться параллельно за [math]O(|V|)[/math] операций. Шаг трим [2] так же может быть выполнен за [math]O(|E|)[/math] параллельных атомарных операций. Поиски в ширину от каждой корневой вершины [4],[BFS] производятся последовательно друг за другом, однако сами поиски в ширину обладают значительным образом параллелизма, описанным в соответствующем разделе.

Нумерация вершин [math]D(v)[/math] в обратном порядке обходе графа производится при помощи поиска в глубину [5],[6], который должен выполняться сугубо последовательно за [math]O(|V|)[/math] операций, и может, вообще говоря, серьезно снизить производительность реализации на параллельных архитектурах.

Каждое из вычислений величин [math]L[/math], [math]H[/math], а так же проверка ребер на свойство, является ли каждое их них мостом [8],[9],[10], может выполняться параллельно за [math]O(|V|)[/math] операций.

Таким образом, ширина ярусно-параллельной формы алгоритма равна [math]O(|E|)[/math], а высота ЯПФ, вообще говоря, зависит от структуры входного графа (числа связанных компонент, и, как следствие, числа необходимых поисков в ширину).

1.9 Входные и выходные данные алгоритма

Входные данные: граф [math]G(V, E)[/math], [math]|V|[/math] вершин [math]v_i[/math] и [math]|E|[/math] рёбер [math]e_j = (v^{(1)}_{j}, v^{(2)}_{j})[/math].

Объём входных данных: [math]O(|V| + |E|)[/math].

Выходные данные

Список ребер, являющихся мостами в графе.

Объём выходных данных:

1. [math]O(|E|)[/math] в случае хранения массива принадлежности каждого ребра к множеству мостов в графе

2. [math]max O(|V|)[/math] в случае хранения мостов в виде списка пар вершин

1.10 Свойства алгоритма

1. Компонента сильной связности – подграф, любые две вершины которого принадлежат какому-либо циклу, и содержащий все такие циклы для своих вершин.

2. Компонента сильной связности является объединением всех циклом, проходящих через её вершины.

2 Программная реализация алгоритма

2.1 Особенности реализации последовательного алгоритма

2.2 Возможные способы и особенности параллельной реализации алгоритма

Программа, реализующая алгоритм Тарьяна-Вышкина, состоит из двух частей: CPU части, отвечающей за параллельные вычисления на многоядерных CPU, а так же копирование данных на GPU и общее управлениями вычислениями, и GPU части, отвечающей только за вычисления на графическом ускорителе.

2.3 Результаты прогонов

2.4 Выводы для классов архитектур

3 Литература

  1. ↑ Tarjan, Robert Endre, and Uzi Vishkin. “An Efficient Parallel Biconnectivity Algorithm.” SIAM Journal on Computing 14, no. 4 (1985): 862–74.
  2. ↑ Edwards, James A, and Uzi Vishkin. “Better Speedups Using Simpler Parallel Programming for Graph Connectivity and Biconnectivity,” PMAM’12, 103–114, New York, USA: ACM Press, 2012. doi:10.1145/2141702.2141714
  3. ↑ Guojing Cong, and David A Bader. “An Experimental Study of Parallel Biconnected Components Algorithms on Symmetric Multiprocessors (SMPs),” 45b, IEEE, 2005. doi:10.1109/IPDPS.2005.100.
  4. ↑ Tarjan, Robert. “Depth-First Search and Linear Graph Algorithms.” SIAM Journal on Computing 1, no. 2 (1972): 146–60.
Источник — https://algowiki-project.org/w/ru/index.php?title=Алгоритм_Тарьяна-Вишкина_поиска_компонент_двусвязности&oldid=28999